Fondens primære formål er at etablere og drive et almennyttigt, uafhængigt og globalt forskningscenter, Mærsk Mc-Kinney Møller Center for Zero Carbon Shipping, som skal bidrage til forskning, innovation og udvikling af teknologier og løsninger, der sigter mod at sænke og ultimativt eliminere udledning af drivhusgasser fra den globale shippingindustri. Forskningscenteret skal oprette en neutral og åben platform til at stimulere tværfagligt samarbejde med henblik på at fremme banebrydende energiteknologier til dekarbonisering af den globale shippingindustri. Fondens forskning skal sigte mod at kunne omsættes til levedygtige kommercielle løsninger og kunne påvirke industristandarder. Fonden kan til opfyldelse af sit formål finansiere projekter i fondens eget regi eller hos eksterne parter samt yde støtte i enhver form, for eksempel ved at yde lån, stille garantier og sikkerheder, foretage kapitalindskud mod kapitalandele samt at give nystartede virksomheder eller forskere adgang til fondens testfaciliteter. Fondens sekundære formål er at støtte udvikling af teknologier, der eliminerer udledningen af drivhusgasser i andre industrier og sektorer end den globale shippingindustri.